TITLE:	Alignment of partial wosp gene sequences from 28 strains of Wolbachia 
	pipientis


AUTHOR:	Scott O'Neill
	Dept. Epidemiology and Public Health
	Yale University School of Medicine
	60 College St
	New Haven  CT 06510  USA
	+1 203 785 3285 (phone)
	+1 203 785 4782 (fax)
	scott.oneill@yale.edu (email)

SUBMISSION DATE: December 1, 1997

ALIGNMENT METHOD: 

Translated sequences were first aligned with clustal.  This amino acid 
alignment was then used as a guide for aligning the DNA sequences.


SEQUENCE LIST: (nucleotide accession numbers)

D.melanogaster(AUB)    AF020063
D.melanogaster(Cairns) AF020064
D.melanogaster(CS)     AF020065
D.melanogaster(yw)     AF020072
D.melanogaster(Har)    AF020066
D.melanogaster(Coff)   AF020067
Ae.albopictus(A)       AF020059
G.morsitans            AF020079
N.vitripennis          AF020081
G.centralis            AF020078
D.simulans(Riv)        AF020070
D.auraria              AF020062
D.simulans(Haw)        AF020068
D.sechellia            AF020073
E.cautella(A)          AF020075
P.papatasi             AF020082
G.austeni              AF020077
M.uniraptor            AF020071
L.striatellus          AF020080
T.confusum             AF020083
T.deion                AF020084
T.orizicolus           AF020085
E.cautella(b)          AF020076
Cx.quinquefasciatus    AF020060
Cx.pipiens(ESPRO)      AF020061
D.simulans(Wat/Mau)    AF020069
D.simulans(Noumea)     AF020074
Ae.albopictus(b)       AF020059


[1                                                          60]
D.melanogaster(AUB)    
TAGCTACTACGTTCGTTTGCAATACAACGGTGAATTTTTACCTCTTTTCACAAAAGTTGA
D.melanogaster(Cairns) 
TAGCTACTACGTTCGTTTGCAATACAACGGTGAATTTTTACCTCTTTTCACAAAAGTTGA
D.melanogaster(CS)     
TAGCTACTACGTTCGTTTGCAATACAACGGTGAATTTTTACCTCTTTTCACAAAAGTTGA
D.melanogaster(yw)     
TAGCTACTACGTTCGTTTGCAATACAACGGTGAATTTTTACCTCTTTTCACAAAAGTTGA
D.melanogaster(Har)    
TAGCTACTACGTTCGTTTGCAATACAACGGTGGAATTTTACCTCTTTTCACAAAAGTTGA
D.melanogaster(Coff)   
TAGCTACTACGTTCGTTTGCAATACAACGGTGAATTTTTACCTCTTTTCACAAAAGTTGA
Ae.albopictus(A)       
TAGCTACTACATTCGTTTGCAATACAACGGTGAATTTTTACCTCTTTTCACAAAAGTTGA
G.morsitans            
TAGCTACTACGTTCGTTTGCAATACAACGGTGAAATTTTACCTCTTTTCACAAAAGTTGA
N.vitripennis          
TAGCTACTACGTTCGTTTGCAATACAACGGTGAAATTTTACCTCTTTTCACAAAAGTTGA
G.centralis            
TAGCTACTACGTTCGTTTGCAATACAACGGTGAAATTTTACCTCTTTTCACAAAAGTTGA
D.simulans(Riv)        
TAGCTACTACGTTCGTTTGCAATACAACGGTGAAATTTTACCTCTTTTCACAAAAATTGA
D.auraria              
TAGCTACTACGTTCGTTTGCAATACAACGGTGAAATTTTACCTCTTTTCACAAAAATTGA
D.simulans(Haw)        
TAGCTACTACGTTCGTTTGCAATACAACGGTGAAATTTTACCTCTTTTCACAAAAGTTGA
D.sechellia            
TAGCTACTACGTTCGTTTGCAATACAACGGTGAAATTTTACCTCTTTTCACAAAAGTTGA
E.cautella(A)          
TAGCTACTACGTTCGTTTGCAATACAACGGTGAAATTTTACCTCTTTTCACAAAAGTTGA
P.papatasi             
TAGCTACTACGTTCGTTTGCAATACAACGGTGAATTTTTACCTCTTTTCACAAAAGTTGA
G.austeni              
TAGCTACTACGTTCGTTTGCAATACAACGGTGAAATTTTACCTCTTTTCACAAAAATTGA
M.uniraptor            
TAGCTACTACGTTCGTTTGCAATACAACGGTGAAATTTTACCTCTTTTCACAAAAGTTGA
L.striatellus          
TAGCTACTACGTTCGTTTACAATACAACGGTGAAATTTTACCTTTTTATACAAAAGTTGA
T.confusum             
TAGCTACTATGTTCGTTTACAATACAACGGTGAAATTTTACCTCTTTATACAAAAGTTGA
T.deion                
TAGCTACTACGTTCGTTTACAATACAACGGTGAAATTTTACCTTTTTATACAAAAGTTAA
T.orizicolus           
TAGCTACTACGTTCGTTTACAGTACAACGGTGAAGTTTTACCTTTTAAAACAAAGATTGA
E.cautella(b)          
TAGCTACTATGTTCGTTTGCAATATAATGGTGAAGTTTTACCTTTTAAAACAAAGATTGA
Cx.quinquefasciatus    
TAGCTACTATGTTCGTTTGCAATATAATGGTGAAGTTTTACCTTTTAAAACAAGAATTGA
Cx.pipiens(ESPRO)      
TAGCTACTATGTTCGTTTGCAATATAATGGTGAAGTTTTACCTTTTAAAACAAGAATTGA
D.simulans(Wat/Mau)    
TAGCTACTATGTTCGTTTGCAATATAATGGTGAAGTTTTACCTTTTAAAACAAGAATTGA
D.simulans(Noumea)     
TAGCTACTATGTTCGTTTGCAATATAATGGTGAAGTTTTACCTTTTAAAACAAGAATTGA
Ae.albopictus(b)       
TAGCTACTATGTTCGTTTGCAATATAATGGTGAAGTTTTACCTTTTAAAACAAGAATTGA

                      
[61                                                          120]
D.melanogaster(AUB)    
TGGTATTACCTATAAGAAAGACAAGAGTGATTACAGTCCA---------------TTAAA
D.melanogaster(Cairns) 
TGGTATTACCTATAAGAAAGACAAGAGTGATTACAGTCCA---------------TTAAA
D.melanogaster(CS)     
TGGTATTACCTATAAGAAAGACAAGAGTGATTACAGTCCA---------------TTAAA
D.melanogaster(yw)     
TGGTATTACCTATAAGAAAGACAAGAGTGATTACAGTCCA---------------TTAAA
D.melanogaster(Har)    
TGGTATTACCTATAAGAAAGACAAGAGTGATTACAGTCCA---------------TTAAA
D.melanogaster(Coff)   
TGGTATTACCTATAAGAAAGACAAGAGTGATTACAGTCCA---------------TTAAA
Ae.albopictus(A)       
TGGTATTACCTATAAGAAAGACAAGAGTGATTACAGTCCA---------------TTAAA
G.morsitans            
TGGTATTACCTATAAGAAAGACAATGGTGATTACAGTCCA---------------TTAAA
N.vitripennis          
TGGTATTACCTATAAGAAAGACAATGGTGATTACAGTCCA---------------TTAAA
G.centralis            
TGGTATTACCTATAAGAAAGACAATGGTGATTACAGTCCA---------------TTAAA
D.simulans(Riv)        
AGGTATTGAATATAAAAAGGCCACAGACATTCATAATCCA---------------TTAAA
D.auraria              
AGGTATTGAATATAAAAAGGCCACAGACATTCATAATCCA---------------TTAAA
D.simulans(Haw)        
TGGTGCTACAGGTGCTAAAAAGAAGACTGCGGATACTGATACAACTACTGACCTTTATAA
D.sechellia            
TGGTGCTACAGGTGCTAAAAAGAAGACTGCGGATACTGATACAACTACTGACCTTTATAA
E.cautella(A)          
TGGTGCTACAGGTGCTAAAAAGAAGACTGCGGATACTGATACAACTACTGACCTTTATAA
P.papatasi             
TGGTGCTACAGGTGCTAAGAA---GACTGCAGATACTGCTACAACTACTGACCTTTATAA
G.austeni              
TGGTATTACAAATGTAGCAGGCAAAGAAAAGGATAGTCCC---------------TTAAA
M.uniraptor            
TGGTATTACCTATAAGAAAGGCAATAGTGATTACAGTCCA---------------TTGAA
L.striatellus          
TGGTATTACAAATGCAACAGGTAAAGAAAAGGATAGTCCC---------------TTAAC
T.confusum             
GGGTATTACAAATGTAACAGGTAAAGAAAAAGATAGTCCC---------------TTAAC
T.deion                
TGGTATTAAAAATGCAGCAAATAAAGACAAGGATAGTACC---------------TTAAA
T.orizicolus           
TGGTGTTACATATAAATCAGGTAAGGACAACAATAGTCCC---------------TTAAA
E.cautella(b)          
TGGTGTTACATATAAATCAGGTAAGGACAACAATAGTCCC---------------TTAAA
Cx.quinquefasciatus    
CGGCATTGAATATAAAAAAGGAACCGAAGTTCATGATCCT---------------TTAAA
Cx.pipiens(ESPRO)      
CGGCATTGAATATAAAAAAGGAACCGAAGTTCATGATCCT---------------TTAAA
D.simulans(Wat/Mau)    
CGGCATTGAATATAAAAAAGGAACCGAAGTTCATGATCCT---------------TTAAA
D.simulans(Noumea)     
CGGCATTGAATATAAAAAAGGAACCGAAGTTCATGATCCT---------------TTAAA
Ae.albopictus(b)       
CGGCATTGAATATAAAAAAGGAACCGAAGTTCATGATCCT---------------TTAAA

[121                                                       180]
D.melanogaster(AUB)    
ACCATCTTTTATAGCTGGTGGTGGTGCATTTGGTTACAAAATGGACGACATCAGGGTTGA
D.melanogaster(Cairns) 
ACCATCTTTTATAGCTGGTGGTGGTGCATTTGGTTACAAAATGGACGACATCAGGGTTGA
D.melanogaster(CS)     
ACCATCTTTTATAGCTGGTGGTGGTGCATTTGGTTACAAAATGGACGACATCAGGGTTGA
D.melanogaster(yw)     
ACCATCTTTTATAGCTGGTGGTGGTGCATTTGGTTACAAAATGGACGACATCAGGGTTGA
D.melanogaster(Har)    
ACCATCTTTTATAGCTGGTGGTGGTGCATTTGGTTACAAAATGGACGACATCAGGGTTGA
D.melanogaster(Coff)   
ACCATCTTTTATAGCTGGTGGTGGTGCATTTGGTTACAAAATGGACGACATCAGGGTTGA
Ae.albopictus(A)       
ACCATCTTTTATAGCTGGTGGTGGTGCATTTGGTTACAAAATGGACGACATCAGGGTTGA
G.morsitans            
AGCGCCTTTTATAGTTGGTGGTGGTGCGTTTGGTTACAAAATGGACGACATCAGGGTTGA
N.vitripennis          
AGCGCCTTTTATAGTTGGTGGTGGTGCGTTTGGTTACAAAATGGACGACATCAGGGTTGA
G.centralis            
AGCGTCTTTTATAGCTAGTGGTGGTGCGTTTGGTTACAAAATGGACGACATCAGGGTTGA
D.simulans(Riv)        
AGCATCTTTTATAGCTGGTGGTGGTGCATTTGGTTACAAAATGGACGACATCAGGGTTGA
D.auraria              
AGCATCTTTTATAGCTGGTGGTGGTGCATTTGGTTACAAAATGGACGACATCAGGGTTGA
D.simulans(Haw)        
AGCTTCTTTTATGGCTGGTGGTGGTGCATTTGGTTACAAAATGGACGACATCAGAGTTGA
D.sechellia            
AGCTTCTTTTATGGCTGGTGGTGGTGCATTTGGTTACAAAATGGACGACATCAGAGTTGA
E.cautella(A)          
AGCTTCTTTTATGGCTGGTGGTGGTGCATTTGGTTACAAAATGGACGACATCAGAGTTGA
P.papatasi             
AGCTTCTTTTATGGCTGGTGGTGGTGCATTTGGTTATAAAATGGACGACATCAGGGTTGA
G.austeni              
AGCATCTTTTATAGCTGGTGGTGGTGCATTTGGTTATAAAATGGACGACATCAGGGTTGA
M.uniraptor            
AGCGTCTTTTATAGCTGGTGGTGGTGCGTTTGGTTACAAAATGGACGACATCAGGGTTGA
L.striatellus          
AAGATCTTTTATAGCTGGTGGTGGTGCATTTGGTTATAAAATGGATGACATTAGAGTTGA
T.confusum             
AAGATCTTTTATAGCTGGTGGTGGTGCATTTGGTTATAAAATGGACGACATTAGAGTTGA
T.deion                
AAGATCCTTTATAGCTGGTGGTGTTGCATTTGGTTATAAAATGGATGACATTAGAGTTGA
T.orizicolus           
AGCATCTTTTCTAGCTGGAGGTGGTGCATTTGGTTATAAAATGGATGATATCAGGGTTGA
E.cautella(b)          
ACCATCTTTTCTAGCTGGAGGTGGTGCATTTGGTTATAAAATGGATGATATCAGGGTTGA
Cx.quinquefasciatus    
AGCATCTTTTATGGCTGGTGGTGCTGCATTTGGTTATAAAATGGACGATATCAGGGTTGA
Cx.pipiens(ESPRO)      
AGCATCTTTTATGGCTGGTGGTGCTGCATTTGGTTATAAAATGGACGATATCAGGGTTGA
D.simulans(Wat/Mau)    
AGCATCTTTTATGGCTGGTGGTGCTGCATTTGGTTATAAAATGGACGATATCAGGGTTGA
D.simulans(Noumea)     
AGCATCTTTTATGGCTGGTGGTGCTGCATTTGGTTATAAAATGGACGATATCAGGGTTGA
Ae.albopictus(b)       
AGCATCTTTTATGGCTGGTGGTGCTGCATTTGGTTATAAAATGGACGATATCAGGGTTGA

                                                  
[181                                                       240]
D.melanogaster(AUB)    
TGTTGAAGGAGTTTATTCATACCTAAACAAAAATGATGTTAAAGATGTAACATTTGACCC
D.melanogaster(Cairns) 
TGTTGAAGGAGTTTATTCATACCTAAACAAAAATGATGTTAAAGATGTAACATTTGACCC
D.melanogaster(CS)     
TGTTGAAGGAGTTTATTCATACCTAAACAAAAATGATGTTAAAGATGTAACATTTGACCC
D.melanogaster(yw)     
TGTTGAAGGAGTTTATTCATACCTAAACAAAAATGATGTTAAAGATGTAACATTTGACCC
D.melanogaster(Har)    
TGTTGAAGGAGTTTATTCATACCTAAACAAAAATGATGTTAAAGATGTAACATTTGACCC
D.melanogaster(Coff)   
TGTTGAAGGAGTTTATTCATACCTAAACAAAAATGATGTTAAAGATGTAACATTTGACCC
Ae.albopictus(A)       
TGTTGAAGGAGTTTATTCATACCTAAACAAAAATGATGTTAAAGATGTAGTATTTACCCC
G.morsitans            
TGTTGAAGGAGTTTATTCATACCTAAACAAAAATGATGTTACAGATGCAAAATTTACGCC
N.vitripennis          
TGTTGAAGGAGCTTATTCATACCTAAACAAAAATGATGTTACAGATGCAAAATTTACGCC
G.centralis            
TGTTGAAGGAGTTTATTCATACCTAAACAAAAATGATGTTACAGATGCAAAATTTACGCC
D.simulans(Riv)        
TGTTGAAGGGCTTTATTCACAGCTAAACAAAAATGATGTTACAGGTGCAGCATTTAACCC
D.auraria              
TGTTGAAGGGCTTTATTCACAGCTAAACAAAAATGATGTTACAGGTGCAGCATTTAACCC
D.simulans(Haw)        
TGTTGAAGGGCTTTATTCGCAGCTAAGCAAGGATACACTT---------GATGTAGCTCC
D.sechellia            
TGTTGAAGGGCTTTATTCGCAGCTAAGCAAGGATACACTT---------GATGTAGCTCC
E.cautella(A)          
TGTTGAAGGGCTTTATTCGCAGCTAAGCAAGGATACACTT---------GATGTAGCTCC
P.papatasi             
CGTTGAAGGGCTTTATTCGCAGCTAAGCAAGGATGCACTT---------GCTGTAGCTCC
G.austeni              
CGTTGAAGGGCTTTACTCACAGTTGAATAAAGATGCA------------GGTGTAGCAGG
M.uniraptor            
TGTTGAAGGAGTTTATTCATACCTAAACAAAAATGATGTTACAGATGCAAAATTTACGCC
L.striatellus          
TGTTGAAGGGCTTTACTCACAATTAGCTAAAGATACAGATGTAGTAAATACT---TCTGA
T.confusum             
TGTTGAAGGGCTTTACTCACAATTGGCTAAAGATACAGCTGTAGTAAATACT---TCTGA
T.deion                
TGTTGAAGGGCTTTACTCACGATTGGCTAAAAATGGAGACGTGATAGATGCT---TCTGA
T.orizicolus           
TGTTGAAGGACTTTACTCACAATTGAGTAAAGATGCAGATGTAGTAGATACT---TCTCC
E.cautella(b)          
TGTTGAAGGACTTTACTCACAATTGAGTAAAGATGCAGATGTAGTAGATACT---TCTCC
Cx.quinquefasciatus    
TGTTGAGGGACTTTACTCACAACTAAACAAAAACGACGTTAGTGGTGCAACATTTACTCC
Cx.pipiens(ESPRO)      
TGTTGAGGGACTTTACTCACAACTAAACAAAAACGACGTTAGTGGTGCAACATTTACTCC
D.simulans(Wat/Mau)    
TGTTGAGGGACTTTACTCACAACTAAACAAAAACGACGTTAGTGGTGCAACATTTACTCC
D.simulans(Noumea)     
TGTTGAGGGACTTTACTCACAACTAAACAAAAACGACGTTAGTGGTGCAACATTTACTCC
Ae.albopictus(b)       
TGTTGAGGGACTTTACTCACAACTAAACAAAAACGACGTTGGTGGTGCAACATTTGCTCC


[241                                                       300]
D.melanogaster(AUB)    
AGCAAATACTATTGCAGACAGTGTAACAGCAATTTCAGGATTAGTGAACGTGTATTACGA
D.melanogaster(Cairns) 
AGCAAATACTATTGCAGACAGTGTAACAGCAATTTCAGGATTAGTGAACGTGTATTACGA
D.melanogaster(CS)     
AGCAAATACTATTGCAGACAGTGTAACAGCAATTTCAGGATTAGTGAACGTGTATTACGA
D.melanogaster(yw)     
AGCAAATACTATTGCAGACAGTGTAACAGCAATTTCAGGATTAGTGAACGTGTATTACGA
D.melanogaster(Har)    
AGCAAATACTATTGCAGACAGTGTAACAGCAATTTCAGGATTAGTGAACGTGTATTACGA
D.melanogaster(Coff)   
AGCAAATACTATTGCAGACAGTGTAACAGCAATTTCAGGATTAGTGAACGTGTATTACGA
Ae.albopictus(A)       
AGCAGATACTATTGCGAACAGTTTAACAGCAATTTCAGGACTAGTTAACGTTTATTACGA
G.morsitans            
A---GATACTATTGCAGACAGTTTAACAGCAATTTCAGGACTAGTTAACGTTTATTACGA
N.vitripennis          
A---GATACTATTGCAGACAGTTTAACAGCAATTTCAGGACTAGTTAACGTTTATTACGA
G.centralis            
A---GATACTATTGCAGACAGTTTAGCAGCAATTTCAGGACTAGTTAACGTTTATTACGA
D.simulans(Riv)        
A---GATACTGTTGCAGACAGTTTAACAGCAATTTCAGGGCTAGTTAACGTTTATTACGA
D.auraria              
A---GATACTGTTGCAGACAGTTTAACAGCAATTTCAGGGCTAGTTAACGTTTATTACGA
D.simulans(Haw)        
TACTCCAGCAATTGCAGACAGTTTAACAGCATTTTCAGGATTAGTTAACGTTTATTACGA
D.sechellia            
TACTCCAGCAATTGCAGACAGTTTAACAGCATTTTCAGGATTAGTTAACGTTTATTACGA
E.cautella(A)          
TACTCCAGCAATTGCAGACAGTTTAACAGCATTTTCAGGATTAGTTAACGTTTATTACGA
P.papatasi             
TACTCCAGCAATTGCAGACAGTTTAACAGCAATTTCAGGGCTAGTTAACGTTTATTACGA
G.austeni              
TACT---ACAGTTGCAGATAATTTAACAGCAATTTCAGGATTAGTTAACGTTTATTACGA
M.uniraptor            
A---GATGCTATTGCAGACAGTTTAACAGCAATTTCAGGACTAGTTAACGTTTATTACGA
L.striatellus          
AACAAAT---GTTGCAGACAGTTTAACAGCATTTTCAGGATTGGTTAACGTTTATTACGA
T.confusum             
AACAAAT---GTTGCAGACAGTTTAACAGCATTTTCAGGATTGGTTAACGTTTATTACGA
T.deion                
AGCAAGT---GTTGCAGAAAGTTTAACAGCATTTTCAGGATTGGTTAACGTTTATTACGA
T.orizicolus           
AGCA------GTTGTAGAAAGTTTAACAGCATTTTCAGGACTAGTTAATGTTTATTACGA
E.cautella(b)          
AGCA------GTTGTAGAAAGTTTAACAGCATTTTCAGGACTAGTTAATGTTTATTACGA
Cx.quinquefasciatus    
AACAACT---GTTGCAAACAGTGTGGCAGCATTTTCAGGATTGGTTAACGTTTATTACGA
Cx.pipiens(ESPRO)      
AACAACT---GTTGCAAACAGTGTGGCAGCATTTTCAGGATTGGTTAACGTTTATTACGA
D.simulans(Wat/Mau)    
AACAACT---GTTGCAAACAGTGTGGCAGCATTTTCAGGATTGGTTAACGTTTATTACGA
D.simulans(Noumea)     
AACAACT---GTTGCAAACAGTGTGGCAGCATTTTCAGGATTGGTTAACGTTTATTACGA
Ae.albopictus(b)       
AACAACT---GTTGCAAACAGTGTGGCAGTATTTTCAGGATTGGTTAACGTTTATTACGA


[301                                                       360]
D.melanogaster(AUB)    
TATAGCAATTGAAGATATGCCTATCACTCCATACATTGGTGTTGGTGTTGGTGCAGCGTA
D.melanogaster(Cairns) 
TATAGCAATTGAAGATATGCCTATCACTCCATACATTGGTGTTGGTGTTG
GTGCAGCGTAD.melanogaster(CS)     
TATAGCAATTGAAGATATGCCTATCACTCCATACATTGGTGTTGGTGTTGGTGCAGCGTA
D.melanogaster(yw)     
TATAGCAATTGAAGATATGCCTATCACTCCATACATTGGTGTTGGTGTTGGTGCAGCGTA
D.melanogaster(Har)    
TATAGCAATTGAAGATATGCCTATCACTCCATACATTGGTGTTGGTGTTGGTGCAGCGTA
D.melanogaster(Coff)   
TATAGCAATTGAAGATATGCCTATCACTCCATACATTGGTGTTGGTGTTGGTGCAACGTA
Ae.albopictus(A)       
TATAGCAATTGAAGATATGCCTATCACTCCATATGTTGGTGTTGGTGTTGGTGCAGCGTA
G.morsitans            
TATAGCAATTGAAGATATGCCTATCACTCCATATATTGGTGTTGGTGTTGGTGCAGCGTA
N.vitripennis          
TATAGCAATTGAAGATATGCCTATCACTCCATATATTGGTGTTGGTGTTGGTGCAGCGTA
G.centralis            
TATAGCAATTGAAGATATGCCTATCACTCCATATATTGGTGTTGGTGTTGGTGCAGCGTA
D.simulans(Riv)        
TATAGCAATTGAAGATATGCCTATCACTCCATATGTTGGTGTTGGTGTTGGTGCAGCGTA
D.auraria              
TATAGCAATTGAAGATATGCCTATCACTCCATATGTTGGTGTTGGTGTTGGTGCAGCGTA
D.simulans(Haw)        
TATAGCAATTGAAGATATGCCTATCACTCCATATGTTGGTGTTGGTGTTGGTGCAGCGTA
D.sechellia            
TATAGCAATTGAAGATATGCCTATCACTCCATATGTTGGTGTTGGTGTTGGTGCAGCGTA
E.cautella(A)          
TATAGCAATTGAAGATATGCCTATCACTCCATATGTTGGTGTTGGTGTTGGTGCAGCGTA
P.papatasi             
TATAGCAATTGAAGATATGCCTATCACTCCATACATTGGTGTTGGTGTTGGTGCAGCATA
G.austeni              
TATAGCAATTGAAGATATGCCTATCACTCCATATGTTGGTGTTGGTGTTGGTGCAGCGTA
M.uniraptor            
TATAGCAATTGAAGATATGCCTATCACTCCATATGTTGGTGTTGGCGTTGGTACAGCGTA
L.striatellus          
TATAGCGATTGAAGATATGCCTATCACTCCATACGTTGGTGTTGGTGTTGGTGCAGCATA
T.confusum             
TATAGCGATTGAAGATATGCCTATCACTCCATACGTTGGTGTTGGTGTTGGTGCAGCATA
T.deion                
TATAGTGGTTGAAGATATGCCTATTATTCCATACGTTGGTGTTGGTGTTGGTGCAGCATA
T.orizicolus           
TATAGCAATTGAAGATATGCCTATCACTCCATACGTTGGTGTTGGTGTTGGTGCAGCGTA
E.cautella(b)          
TATAGCAATTGAAGATATGCCTATCACTCCATATGTTGGTGTTGGTGTTGGTGCAGCGTA
Cx.quinquefasciatus    
TATAGCGATTGAAGATATGCCTATCACTCCATACGTTGGTGTTGGTGTTGGTGCAGCATA
Cx.pipiens(ESPRO)      
TATAGCGATTGAAGATATGCCTATCACTCCATACGTTGGTGTTGGTGTTGGTGCAGCATA
D.simulans(Wat/Mau)    
TATAGCGATTGAAGATATGCCTATCACTCCATACGTTGGTGTTGGTGTTGGTGCAGCATA
D.simulans(Noumea)     
TATAGCGATTGAAGATATGCCTATCACTCCATACGTTGGTGTTGGTGTTGGTGCAGCATA
Ae.albopictus(b)       
TATAGCGATTGAAGATATGCCTATCACTCCATACGTTGGTGTTGGTGTTGGTGCAGCATA

[361                                                       420]
D.melanogaster(AUB)    
TATTAGCACTCCTTTGGAACCCGCTGTG---AATGATCAAAAAAGTAAATTTGGTTTTGC
D.melanogaster(Cairns) 
TATTAGCACTCCTTTGGAACCCGCTGTG---AATGATCAAAAAAGTAAATTTGGTTTTGC
D.melanogaster(CS)     
TATTAGCACTCCTTTGGAACCCGCTGTG---AATGATCAAAAAAGTAAATTTGGTTTTGC
D.melanogaster(yw)     
TATTAGCACTCCTTTGGAACCCGCTGTG---AATGATCAAAAAAGTAAATTTGGTTTTGC
D.melanogaster(Har)    
TATTAGCACTCCTTTGGAACCCGCTGTG---AATGATCAAAAAAGTAAATTTGGTTTTGC
D.melanogaster(Coff)   
TATTAGCACTCCTTTGGAACCCGCTGTG---AATGATCAAAAAAGTAAATTTGGTTTTGC
Ae.albopictus(A)       
TGTCAGCACTCCTTTGAAAACCGCTATA---AATAATCAAAACAGTAAATTTGGTTTTGC
G.morsitans            
TATTAGCACTCCTTTGAAAGACGCTGTG---AATGATCAAAAAAGTAAATTTGGTTTTGC
N.vitripennis          
TATTAGCACTCCTTTGAAAGACGCTGTG---AATGATCAAAAAAGTAAATTTGGTTTTGC
G.centralis            
TATTAGCACTCCTTTGAAAGACGCTGTG---AATGATCAAAAAAGTAAATTTGGTTTTGC
D.simulans(Riv)        
TATTAGCACTCCTTTGAAAGACGCTGTG---AATGATCAAAAAAGTAAATTTGGTTTTGC
D.auraria              
TATTAGCACTCCTTTGAAAGACGCTGTG---AATGATCAAAAAAGTAAATTTGGTTTTGC
D.simulans(Haw)        
TATTAGCACACCTTTGGCAACCGCTGTG---AGTAGTCAAAATGGTAAATTTGCTTTTGC
D.sechellia            
TATTAGCACACCTTTGGCAACCGCTGTG---AGTAGTCAAAATGGTAAATTTGCTTTTGC
E.cautella(A)          
TATTAGCACACCTTTGGCAACCGCTGTG---AGTAGTCAAAATGGTAAATTTGCTTTTGC
P.papatasi             
TATTAGCACACCTTTGGCAACTGCTGTG---AGTAGTCAAAATGGTAAATTTGCTTTTGC
G.austeni              
TATTAGCACACCTTTGGCAACTGTTGTG---AGTAGTCAAAATGGTAAATTTGCTTTTGC
M.uniraptor            
TATTAGCACACCTTTGGCAACTGCTGTG---AGTAGTCAAAATGGTAAATTTGCTTTTGC
L.striatellus          
TATCAGCAATCCTTCAAAAGCTGGTGTAGTTAAAGATCAAAAA---GGATTTGGTTTTGC
T.confusum             
TATCAGCAATCCTTCAAAAGCTGATGCAGTTAAAGATCAAAAA---GGATTTGGTTTTGC
T.deion                
TATCAGCAATCCTTCAAAAGTTGCTGAAGTTAAGGATCAAAGG---AGCTTCGGTTTTGC
T.orizicolus           
TGTAAGCAATCCTTTAGTAACAGAGGTTACTGGTGATAAAAAATCTGGATTTGGTTTTGC
E.cautella(b)          
TGTAAGCAATCCTTTAGTAACAGAGATTACTGGTGATAAAAAATCTGGATTTGGTTTTGC
Cx.quinquefasciatus    
TATCAGCAATCCTTCAGAAGCTAGTGCAGTTAAAGATCAAAAA---GGATTTGGTTTTGC
Cx.pipiens(ESPRO)      
TATCAGCAATCCTTCAGAAGCTAGTGCAGTTAAAGATCAAAAA---GGATTTGGTTTTGC
D.simulans(Wat/Mau)    
TATCAGCAATCCTTCAGAAGCTAGTGCAGTTAAAGATCAAAAA---GAATTTGGTTTTGC
D.simulans(Noumea)     
TATCAGCAATCCTTCAGAAGCTAGTGCAGTTAAAGATCAAAAA---GAATTTGGTTTTGC
Ae.albopictus(b)       
TATCAGCAATCCTTCAGAAGCTAGTGCAGTTAAAGATCAAAAA---GGATTTGGTTTTGC

[421                                                       480]
D.melanogaster(AUB)    
TGGTCAAGTAAAAGCTGGTGTTAGTTATGATGTAACTCCAGAAGTCAAACTTTATGCTGG
D.melanogaster(Cairns) 
TGGTCAAGTAAAAGCTGGTGTTAGTTATGATGTAACTCCAGAAGTCAAACTTTATGCTGG
D.melanogaster(CS)     
TGGTCAAGTAAAAGCTGGTGTTAGTTATGATGTAACTCCAGAAGTCAAACTTTATGCTGG
D.melanogaster(yw)     
TGGTCAAGTAAAAGCTGGTGTTAGTTATGATGTAACTCCAGAAGTCAAACTTTATGCTGG
D.melanogaster(Har)    
TGGTCAAGTAAAAGCTGGTGTTAGTTATGATGTAACTCCAGAAGTCAAACTTTATGCTGG
D.melanogaster(Coff)   
TGGTCAAGTAAAAGCTGGTGTTAGTTATGATGTAACTCCAGAAGTCAAACTTTATGCTGG
Ae.albopictus(A)       
TGGTCAAGTAAAAGCTGGTGTCAGCTATGATGTAACTCCAGAAGTCAAACTTTATGCTGG
G.morsitans            
TGGTCAAGTAAAAGCTGGTGTTAGTTATGATGTAACTCCGGAAGTCAAACTTTATGCTGG
N.vitripennis          
TGGTCAAGTAAAAGCTGGTGTTAGTTATGATGTAACTCCGGAAGTCAAACTTTATGCTGG
G.centralis            
TGGTCAAGTAAAAGCTGGTGTTAGCTATGATGTAACTCCGGAAGTCAAACTTTATGCTGG
D.simulans(Riv)        
TGGTCAAGTAAAAGCTGGTGTTAGTTATGATGTAACTCCAGAAGTCAAACTTTATGCTGG
D.auraria              
TGGTCAAGTAAAAGCTGGTGTTAGTTATGATGTAACTCCAGAAGTCAAACTTTATGCTGG
D.simulans(Haw)        
TGGTCAAGCAAGAGCTGGTGTCAGCTATGACATAACTCCAGAAATCAAACTCTACGCTGG
D.sechellia            
TGGTCAAGCAAGAGCTGGTGTCAGCTATGACATAACTCCAGAAATCAAACTCTACGCTGG
E.cautella(A)          
TGGTCAAGCAAGAGCTGGTGTCAGCTATGACATAACTCCAGAAATCAAACTCTACGCTGG
P.papatasi             
TGGTCAAGCAAGAGCTGGTGTTAGTTATGATGTAACTCCGGAAGTCAAACTTTATGCCGG
G.austeni              
TGGTCAAGTAAGAGCTGGTGTTAGTTACGATGTAACTCCAGAAGTCAAACTTTACGCTGG
M.uniraptor            
TGGTCAAGCAAGAGCTGGTGTTAGTTACGATGTAACTCCAGAAGTCAAACTTTACGCTGG
L.striatellus          
TTATCAAGCAAAAGCTGGTGTTAGCTATGATGTAACTCCAGAAATCAAACTCTTTGCTGG
T.confusum             
TTATCAAGCAAAAGCTGGTGTTAGCTATGATGTAACTCCAGAAATCAAACTCTTTGCTGG
T.deion                
TTATCAAGCAAAAGGTGGTGTTAGTTATGATGTAACCCCAGAAATCAAACTCTTTGCTGG
T.orizicolus           
TTATCAAGCAAAAGCTGGTGTTAGTTATGATGTAACCCCAGAAATCAAGCTTTATGCTGG
E.cautella(b)          
TTATCAAGCAAAAGCTGGTGTTAGTTATGATGTAACTCCAGAAATCAAGCTTTATGCTGG
Cx.quinquefasciatus    
TTATCAAGCAAAAGCTGGTGTTAGTTATGATGTAACCCCAGAAATCAAACTCTTTGCTGG
Cx.pipiens(ESPRO)      
TTATCAAGCAAAAGCTGGTGTTAGTTATGATGTAACCCCAGAAATCAAACTCTTTGCTGG
D.simulans(Wat/Mau)    
TTATCAAGCAAAAGCTGGTGTTAGTTATGATGTAACCCCAGAAATCAAGCTTTATGCTGG
D.simulans(Noumea)     
TTATCAAGCAAAAGCTGGTGTTAGTTATGATGTAACCCCAGAAATCAAGCTTTATGCTGG
Ae.albopictus(b)       
TTATCAAGCAAAAGCTGGTGTTAGTTATGATGTAACCCCAGAAATCAAGCTTTATGCTGG

[481                                                        540]
D.melanogaster(AUB)    
AGCTCGTTATTTCGGTTCTTATGGTGCTAATTTTGATGGAAAAAAAACAGATCCTAAAAA
D.melanogaster(Cairns) 
AGCTCGTTATTTCGGTTCTTATGGTGCTAATTTTGATGGAAAAAAAACAGATCCTAAAAA
D.melanogaster(CS)     
AGCTCGTTATTTCGGTTCTTATGGTGCTAATTTTGATGGAAAAAAAACAGATCCTAAAAA
D.melanogaster(yw)     
AGCTCGTTATTTCGGTTCTTATGGTGCTAATTTTGATGGAAAAAAAACAGATCCTAAAAA
D.melanogaster(Har)    
AGCTCGTTATTTCGGTTCTTATGGTGCTAATTTTGATGGAAAAAAAACAGATCCTAAAAA
D.melanogaster(Coff)   
AGCTCGTTATTTCGGTTCTTATGGTGCTAATTTTGATGGAAAAAAAACAGATCCTAAAGA
Ae.albopictus(A)       
AGCTCGTTATTTCGGTTCTTTTGGTGCTCACTTTGATAGCGAAACTACTGGTGCAGATAA
G.morsitans            
AGCTCGTTATTTCGGTTCTTTTGGTGCTCATTTTGATAAA------------------GA
N.vitripennis          
AGCCCGTTATTTCGGTTCTTTTGGTGCTCATTTTGATAAA------------------GA
G.centralis            
AGCTCGTTATTTCGGTTCTTTTGGTGCTCATTTTGATAGA------------------GA
D.simulans(Riv)        
AGCTCGTTATTTCGGTTCTTTTGGTGCTCATTTTGATAAA------------------GA
D.auraria              
AGCTCGTTATTTCGGTTCTTTTGGTGCTCATTTTGATAAA------------------GA
D.simulans(Haw)        
AGCTCGTTATTTCGGTTCTTTTTGTGCTCATTTTGATAAA------------------GA
D.sechellia            
AGCTCGTTATTTCGGTTCTTTTTGTGCTCATTTTGATAAA------------------GA
E.cautella(A)          
AGCTCGTTATTTCGGTTCTTTTGGTGCTCATTTTGATAAA------------------GA
P.papatasi             
TGCTCGCTATTTCGGTTCTTATGGTGCTAACTTTGATAAA--------------------
G.austeni              
AGCTCGCTATTTCGGTTCTTATGGTGCTAACTTTGATAAAACTGACAAAGACGGCAAA--
M.uniraptor            
AGCTCGCTATTTCGGTTCTTATGGTGCTAACTTTGATAAAACTGACAAAGACGGCAAA--
L.striatellus          
AGCTCGTTACTTCGGTTCTTATGGTGCTAGTTTTGATAAGGCAGCTAAGGAT--------
T.confusum             
AGCTCGTTACTTCGGTTCTTATGGTGCTAGTTTTGATAAGGCGGCTAAGGAT--------
T.deion                
AGCTCGTTACTTCGGTTCTTATGGTGCTAGTTTTGATAAGACAACTAAGGGT--------
T.orizicolus           
TGCTCGTTATTTTGGTTCTTATGGTGCTAAATTTGGTAAGACAACTAAAGAT--------
E.cautella(b)          
TGCTCGTTATTTTGGTTCTTATGGTGCTAATTTTGGTAAGACAGCTAAAGAT--------
Cx.quinquefasciatus    
TGCTCGTTATTTTGGTTCTTATGGTGCTAGTTTTAATAAAGAAGCAGTATCA--------
Cx.pipiens(ESPRO)      
TGCTCGTTATTTTGGTTCTTATGGTGCTAGTTTTAATAAAGAAGCAGTATCA--------
D.simulans(Wat/Mau)    
TGCTCGTTATTTTGGTTCTTATGGTGCTAGTTTTAATAAAGAAGCAGTATCA--------
D.simulans(Noumea)     
TGCTCGTTATTTTGGTTCTTATGGTGCTAGTTTTAATAAAGAAGCAGTATCA--------
Ae.albopictus(b)       
TGCTCGTTATTTTGGTTCTTATGGTGCTAGTTTTAATAAAGAAACAGTATCA--------

[541                                                       600]
D.melanogaster(AUB)    
TTCAACCGGACAGGCTGCTGATGCAGGCGCATACAAAGTTCTTTACAGCACTGTTGGTGC
D.melanogaster(Cairns) 
TTCAACCGGACAGGCTGCTGATGCAGGCGCATACAAAGTTCTTTACAGCACTGTTGGTGC
D.melanogaster(CS)     
TTCAACCGGACAGGCTGCTGATGCAGGCGCATACAAAGTTCTTTACAGCACTGTTGGTGC
D.melanogaster(yw)     
TTCAACCGGACAGGCTGCTGATGCAGGCGCATACAAAGTTCTTTACAGCACTGTTGGTGC
D.melanogaster(Har)    
TTCAACCGGACAGGCTGCTGATGCAGGCGCATACAAAGTTCTTTACAGCACTGTTGGTGC
D.melanogaster(Coff)   
TTCAACCAGACAGGTTACTGATGCAGGCGCATACAAAGTTCTTTACAGCACTGTTGGTGC
Ae.albopictus(A)       
CAAAAAAGTAGTTACCAAAGATGCA------TACAAAGTTCTTTACAGCACTGTTGGTGC
G.morsitans            
T---GCTGCTGCAGGCAAAGACAAAGGGGAACTCAAAGTTCTTTACAGCACTGTTGGTGC
N.vitripennis          
T---GCTGCTGCAGGCAAAGACAAAGGGGAACTCAAAGTTCTTTACAGCACTGTTGGTGC
G.centralis            
T---GCTGCTGCAGGCAAAGACAAAGGGGAACTCAAAGTTCTTTACAGCACTGTTGGTGC
D.simulans(Riv)        
TACTGCTGCAGCAAGCAAAGACAAGGGGGAACTCAAAGTTCTTTACAGCACTGTTGGTGC
D.auraria              
TACTGCTGCAGCAAGCAAAGACAAGGGGGAACTCAAAGTTCTTTACAGCACTGTTGGTGC
D.simulans(Haw)        
TACTGCTGCAGCAAGCAAAGACAAGGGGGAACTCAAAGTTCTTTACAGCACTGTTGGTGC
D.sechellia            
TACTGCTGCAGCAAGCAAAGACAAGGGGGAACTCAAAGTTCTTTACAGCACTGTTGGTGC
E.cautella(A)          
TACTGCTGCAGCAAGCAAAGACAAGGGGGAACTCAAAGTTCTTTACAGCACTGTTGGTGC
P.papatasi             
-------ACTGACAAAGATGGCAAAGGGAAACTCAAAGTTCTTTACAGCACTGTTGGTGC
G.austeni              
-------------------------GGGGAACTCAAAGTTCTTTACAGCACTGTTGGTGC
M.uniraptor            
-------------------------GGGGAACTCAAAGTTCTTTACAGCACTGTTGGTGC
L.striatellus          
-------------------GATGCTGGTATCAAAAATGTTGTTTACAGCACTGTTGGTGC
T.confusum             
-------------------GATGCTGGTATCAAAAATGTTCTTTACAGCACTGTTGGTGC
T.deion                
-------------------GATGATGGTATCAAAAATGTTGTTTACAACACTTTTGGTGC
T.orizicolus           
-------------------GATGGCGGAATCAAG---GTTCTTTACAGCACTGTTGGTGC
E.cautella(b)          
-------------------GATGGCGGAATCAAA---GTTCTTTACAGCACTGTTGGTGC
Cx.quinquefasciatus    
-------------------GCTACTAAAGAGATCAATGTCCTTTACAGCGCTGTTGGTGC
Cx.pipiens(ESPRO)      
-------------------GCTACTAAAGAGATCAATGTCCTTTACAGCGCTGTTGGTGC
D.simulans(Wat/Mau)    
-------------------GCTACTAAAGAGATCAATGTCCTTTACAGCGCTGTTGGTGC
D.simulans(Noumea)     
-------------------GCTACTAAAGAGATCAATGTCCTTTACAGCGCTGTTGGTGC
Ae.albopictus(b)       
-------------------GCTACTAAAGAGATCAACGTTCTTTACAGCGCTGTTGGTGC

                       [601  606]
D.melanogaster(AUB)    AGAAGC
D.melanogaster(Cairns) AGAAGC
D.melanogaster(CS)     AGAAGC
D.melanogaster(yw)     AGAAGC
D.melanogaster(Har)    AGAAGC
D.melanogaster(Coff)   AGAAGC
Ae.albopictus(A)       AGAAGC
G.morsitans            AGAAGC
N.vitripennis          AGAAGC
G.centralis            AGAAGC
D.simulans(Riv)        AGAAGC
D.auraria              AGAAGC
D.simulans(Haw)        AGAAGC
D.sechellia            AGAAGC
E.cautella(A)          AGAAGC
P.papatasi             AGAAGC
G.austeni              AGAAGC
M.uniraptor            AGAAGC
L.striatellus          AGAAGC
T.confusum             AGAAGC
T.deion                AGAAGC
T.orizicolus           AGAAGC
E.cautella(b)          AGAAGC
Cx.quinquefasciatus    AGAAGC
Cx.pipiens(ESPRO)      AGAAGC
D.simulans(Wat/Mau)    AGAAGC
D.simulans(Noumea)     AGAAGC
Ae.albopictus(b)       AGAAGC